由北京大学第三医院牵头，北京大学第一医院、北京大学人民医院联合申报并于2014年10月获批国家妇产疾病临床医学研究中心。中心旨在研究严重危害女性健康的生殖内分泌疾病、围产期疾病、女性生殖道疾病和妇科肿瘤等，提高女性生殖健康水平。中心年诊治患者超200万人次，其中手术超5万人次，是全国实力最强的妇产科专业之一。目前，中心构建了以北大妇产科学系为核心的、覆盖全国31省市自治区200余家机构的妇产科疾病临床协同研究网络体系，包括女性生殖健康网络平台、妊娠并发症防控网络平台、妇科恶性肿瘤保留生育功能网络平台等；中心获批成为“国家产科质量控制中心”、“国家盆底疾病质控中心”、“北京市辅助生殖技术质控和管理中心”、“教育部辅助生殖重点实验室”、“北京市生殖内分泌与辅助生殖技术重点实验室”、“北京市妊娠合并糖尿病母胎医学研究重点实验室”、“北京市女性盆底疾病研究重点实验室”、“北京市生育力低下与出生缺陷国际合作科技基地”等，搭建跨学科的临床研究和转化医学平台。

中心建设期间主要研究成果如下：（1）建立国内最大的基于社区人群的育龄女性生育力监控队列，明确我国复杂生殖内分泌疾病发病特征，建立代谢异常预测模型；揭示肠道菌群-胆汁酸-IL-22通路调控的发病机制；建立“腹腔镜卵巢打孔手术-经阴道未成熟卵泡穿刺术-体外成熟培养-玻璃化冻存”生育力保存技术体系；国际首次证实甲状腺自身抗体阳性但甲功正常的不孕女性，进行LT4干预不能改善IVF妊娠结局，应避免过度治疗，为指南修订提供高质量循证医学证据。（2）建立胚胎植入前/产前筛查、诊断、宫内治疗一体化模式。创建胚胎植入前遗传学诊断（PGD）新技术，填补国际空白，一次测序实现“单基因、染色体检测及连锁分析”三重诊断，目前完成PGD诊断500余例，涉及176种不同致病基因，在50家单位推广应用；建立神经遗传病的产前诊断平台，实现27种疾病的45种基因诊断，达到国内领先、国际先进水平。（3）建立产科危重病协作研究联盟，以妊娠合并糖尿病为核心，扩展子痫前期、胎儿发育异常等围产医学重大问题，建立完善胎儿疾病的筛查、诊断及多学科合作模式；建立多中心研究队列深入探讨临床亟需解决的高龄孕妇并发症主要问题，制定高龄、高危产妇分级管理体系；国内首次提出胎盘植入超声评分量表用于预测胎盘植入凶险程度，建立“九部手术法” 在前置胎盘合并植入术中推广应用。（4）建立晚期、复发性、难治性妇科恶性肿瘤多学科诊疗模式，晚期卵巢癌减瘤术满意率85%左右，其中43%术后无肉眼残留病灶，5年生存率达到67%，疗效达到国际水平；国际上率先发现子宫内膜癌雌激素作用的非基因转录效应，初步明确发病微环境机制和基因特征谱，完成成果临床转化。（5）建立常见早期恶性肿瘤年轻患者保留生育功能多学科个体化诊疗模式，其中早期子宫内膜癌，治疗缓解率达95%，临床妊娠率达50%，活产率达35%，复发率降至30%以下，均为国内外领先水平。

中心作为国家妇产科专业培训基地，培训进修医生千余人；建设期间共举办国际研讨会和培训会议7次；每年举办各类国家级继续教育学习班、国内学术研讨会10余次，包括生殖内分泌疾病与辅助生殖技术、疑难母胎疾病诊治与创新手术、妇科恶性肿瘤手术及规范化治疗等，每年培训来自全国31省市自治区百余家单位学员逾万人次，是国内最重要的培育临床研究领军人才、学科带头人和技术骨干的基地之一。